El nombre de la población que ahora conocemos como Los Algodones, Baja California, no deriva de la palabra algodón aunque este se cultiva en la región desde tiempos antiguos, se cree se deriva de Halchidomas, que es el nombre de una tribu de indios Yuma que habitaban en esa región desde principios del siglo XVII; sin embargo la semejanza fonética hizo después que se conociera como Los Algodones al antiguo pueblo que divide México de Estados Unidos entre dunas y el Río Colorado.

Después el nombre fue tomado para el Rancho Los Algodones que comprendía 48,000 acres ( 19,420.8 hectáreas) y que se localiza en el. Margen oeste del Río Colorado, en el extremo noroeste del que en aquel entonces era territorio norte de Baja California,  Esta gran extensión incluía ricas tierras por los desbordes periódicos del Río Colorado, mismas que los indios usaban para sus cultivos. El rancho había sido otorgado en concesiones por el gobierno mexicano a unos propietarios mexicanos, quines lo poseían exentos de impuestos.

El poblado Los Algodones a fines del siglo XIX inició los trabajos de canalización del Río Colorado, promovidos por el Ing. Charles Rockwood para regar con las aguas de este río los Valles de Mexicali e Imperial; en esta fecha coincidieron con la fundación del Poblado “Los Algodones”, colonos provenientes de Sonora llamados “Vaqueros de Andrade”.

Las Plantas Silvestres de la región, crecía a orillas del Río Colorado y alcanza una altura aproximada de 1.5 mts. Formando una flor cuyo fruto es la planta de Algodón.

Los Algodones está enclavado en una región con índice de vestigios prehistóricos (como Yuma), donde se han encontrado en la exploración de material pétreos a considerable profundidad (5 metros gran número de huesos de mamuts, tales como premolares, rótulas vértebras etc. Hasta utensilios cilíndricos de escaso diámetro, semejando una mecana para golpear, donde se nota la participación de la mano del hombre.

El Primer caserío de Algodones, fue asentado en la parte alta de la mesa arenosa ahora Andrade y a medida, que fue bajando el Río Colorado que en ese tiempo era navegable (según fotografías del museo de la prisión de Yuma), cuando el río fue buscando su lecho principal que fue en forma paulatina según se demuestran en los marcos dejados por la erosión pluvial en las faldas del cerro piloto y en las formaciones arsénicos casi petrificadas.

En 1878, al quedar señalada la línea divisoria entre México y Estados Unidos del lado mexicano siguió tomando el nombre de Andrade y el lado mexicano se le llamó Lerdo (en honor al ex presidente de México Lerdo de Tejada).  Desde 1878 se fundó la población de Yuma, Az. y a los 10 años después se le cambió el nombre de Lerdo, por el de Los Algodones y ya empezaba a conocerse en la región costera de la Península de Baja California.

En 1879, fue vendido a Thomas H. Blythe, quien estaba muy interesado en irrigar tierras desérticas en ambos lados de la frontera con aguas del Río Colorado, Blythe ya había tratado de llegar a la región del Valle de Palo Verde, California, donde ahora se encuentra la ciudad que lleva su nombre.

Junto con Guillermo Andrade, su asociado, había logrado éxito al irrigar tierras en el lado sonorense del Río después de lo cual emprendió la tarea de canalizar el agua del Río Colorado para regar, el lado oeste, a ambos lados de la frontera, pero repentinamente murió intestado, en 1883 antes de lograr su objetivo.

Diez años después de la muerte de Blythe una corte de Ensenada, que era la capital del territorio norte de Baja California, declaró que la propiedad del rancho retornara al gobierno mexicano y de éste último Andrade compró el rancho en Junio de 1896.

En 1901, en el Distrito Norte de la Baja California, solo existía la Municipalidad de Ensenada formada por once cabeceras municipales que eran: Ensenada, Tijuana, Tecate, Los Algodones, Real del Castillo, las que estaban a cargo de un Juez, ese mismo año el Sr, Manuel Vizcarra que era la autoridad jurídica y administrativa, solicitó al jefe político de Ensenada, se le autorizara para construir un juzgado en la compuesta Sharp. Pero debido a una inundación del Río obligó a los habitantes a trasladarse a otro lugar de donde surgió el Valle de Mexicali y Caléxico.

En 1904, quedó dividida la sección municipal de Los Algodones y la de Mexicali asignándose a Wenceslao Sifuentes como juez de plaza en Mexicali y a Maximiliano Márquez para Los Algodones.

La canalización fue el logró de varios empresarios norteamericanos y el éxito culminó cunado en mayo de 1901 empezó a fluir agua para riego a Caléxico, Ca. Poco tiempo después Andrade vendió el Rancho junto con toda la tierra que poseía en Baja California a Harrison Gray Otis, editor de periódico Los Angeles Times.  El Nombre de Guillermo Andrade sobrevive en la pequeña población opuesta a Los Algodones en el lado norte de la línea divisoria, llamada la Meseta de Andrade.  

El crecimiento económico de Los Algodones tuvo gran auge, cuando se aplicó la Ley Seca, decretada en Estados Unidos, durante la guerra, pues los casinos y negocios de alcohol tuvieron demanda debido a la población flotante por indios y negros provenientes del estado de Arizona, E.U. ayudando al desarrollo avícola de esta región, asi mismo estas gentes venían a jugar o tomar cerveza, ese era el turismo que prevaleció en esa época, en ese entonces Algodones tenía categoría política de Sub-delegación municipal, de donde dependían algunos caseríos como el Río (Mexicali) 1901-1902. Así fue desarrollándose las vida del Poblado, hasta la llegada del Coronel Agustín Sanguinés vió realmente la actividad del poblado y al comprar Los Algodones  del cacería del río (Mexicali), ordenó el traslado de los poderes políticos de Los Algodones a lo que más tarde llamarían Mexicali. No obstante Los Algodones siguió fungiendo como sub-delegación, ya no fue igual y aunque tuvo posteriormente un auge en cuestión de cantinas y bares, intervinieron situaciones de tipo político que lo aniquilaron hasta ahora que la fuerza de sus moradores y la buena voluntad de sus moradores y de sus gobernantes estatales, municipales y los propios habitantes que hoy en día forman el poblado empezaron con un nuevo auge sobre todo en materia del turismo que es el sustento de la gran mayoría de los comerciantes, profesionistas y servidores turísticos.

La fecha que se determinó para la fundación de Los Algodones el 17 de Julio de 1894.